要删除Tomcat中webapps目录下的应用，可以按照以下步骤进行操作：
停止Tomcat服务，可以使用命令./shutdown.sh或者./catalina.sh stop（Windows系统为shutdown.bat或者catalina.bat stop）停止Tomcat服务。
进入Tomcat的webapps目录，找到要删除的应用的文件夹。
删除该应用的文件夹。可以使用命令rm -rf <应用文件夹>（Linux系统）或者rmdir /s /q <应用文件夹>（Windows系统）来删除文件夹。
重新启动Tomcat服务，使用命令./startup.sh或者./catalina.sh start（Windows系统为startup.bat或者catalina.bat start）来启动Tomcat服务。
这样就可以删除Tomcat中webapps目录下的应用了。在删除应用之前请确保已经备份了相关数据，以免造成不可恢复的数据丢失。
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